AppDataフォルダについてはこちら
ProgramDataフォルダにはアプリケーションに関連するファイルが格納されており、そのPCの全てのユーザーに対して共有されます。
通常、ProgramDataは隠しフォルダとなっているので、単純にエクスプローラーでブラウズしても表示されません。
Windows XPでは、C:\ProgramDataに相当するものとしてC:\Documents and Settings\All Users\Application Dataというフォルダが使われていました。
Windows Vista以降はC:\ProgramDataフォルダが使われています。
ProgramDataフォルダは、隠しフォルダかつPCの全てのユーザーに対して共有されるという特性から、マルウェアの保存先として使われることがしばしばあります。
以上。
参考
https://www.howtogeek.com/278562/what-is-the-programdata-folder-in-windows/
https://docs.microsoft.com/en-us/windows-hardware/customize/desktop/unattend/microsoft-windows-shell-setup-folderlocations-programdata
